В 1921 году в семье самурая и мастера бонсай Тошиджи Ёшимура родился мальчик, который получил имя Юджи. Старший сын Тошиджи умер в 1924, когда Юджи не исполнилось и трёх лет. Судьба сделала младшего Ёшимура наследником семейного дела.
Семейный бизнес – парковый питомник близ Токио – при Юджи не остался неизменным. Юноша окончил Токийскую школу садоводства и ландшафтного дизайна, изучив наряду с прочими предметами основы бонкей и бонсай.
В 1951 году Юджи завязал тесные деловые отношения с переводчиком Альфредом Коэном с целью организации серии лекций и семинаров по тематикам «Бонсай» и «Бонкей». После успеха лекций Ёшимура опубликовал несколько небольших статей в профильных изданиях. В 1957 году уже считающийся мастером бонсай Юджи Ёшимура в соавторстве с Джованни М. Хелфордом опубликовал большую книгу «Японское искусство миниатюризации деревьев и ландшафтов». Вскоре после этого сын самурая получил предложение – преподавать основы искусства бонсай в Бруклинском Ботаническом саду.
В 1960-м году Ёшимура начал своеобразное турне по миру с циклом лекций о бонсай, параллельно продолжая писать и публиковаться в тематических журналах. Вклад Юджи Ёшимура в «искусство миниатюризации деревьев и ландшафтов» отметил даже сверхпопулярный в то время «Уолл-стрит джорнал», опубликовавший большую статью о мастере бонсай.
В 1971 году Ёшимура организовал бонсай-туры в Страну Восходящего солнца, благодаря которым снискал и вовсе бешенную популярность и, кстати, прилично заработал. Два года спустя между Юджи и директором Национального дендрария США доктором Л. Кричем состоялся разговор, в котором Ёшимура изложил свою мечту об американском питомнике бонсай. Конечным итогом этой содержательной беседы стало создание Национального Музея бонсай и пенджинг.
Весной 1995 года Юджи Ёшимура перенес инсульт, однако быстро оправился и пытался работать и писать, продолжая популяризировать бонсай. Сил мастеру хватило на два года. Зимой 1997 года Ёшимура скончался. После его смерти был создан фонд имени Юджи Ёшимура, главной задачей которого стало сохранение памяти о великом художнике, чьим полотном стала сама природа.