Насекомые-вредители и болезни могут поражать как корни, так и ствол, ветви и листья деревьев. Вначале необходимо локализовать место поражения. Некоторые вредители, такие, как червецы, тли, паутинные клещи, появляются на растениях вновь и вновь, поэтому рекомендуется проводить профилактическую обработку некоторых видов деревьев. Муравьи не являются вредителями растений. Они свидетельствуют о присутствии тли, сладкие выделения которой привлекают муравьев. Однако от них все же лучше избавиться, пролив почву водой. Дождевые черви также неопасны. Тем не менее их желательно удалить, поскольку они прорывают в почве ходы. Препараты для обработки растений, фунгициды и инсектициды, имеются в продаже в специализированных магазинах; иногда они имеют широкий спектр действия, а иногда предназначены для борьбы с определенной болезнью или конкретным вредителем. В любом случае, прежде чем покупать препарат, желательно точно выяснить, с каким заболеванием вы будете бороться.
Накануне или за несколько часов до проведения обработки любым препаратом бонсай необходимо обильно полить. Если деревце пересушено, ни фунгициды, ни инсектициды не окажут на него никакого воздействия. Кроме того, во время опрыскивания или обмывания растения специальными растворами желательно прикрывать почву полиэтиленовой пленкой. Используемые химические препараты часто бывают опасны для человека. Поэтому после проведения обработки рекомендуется вымыть руки с мылом и не касаться лицом листьев дерева. В поддержании здоровья растений на первый план выходят профилактические меры и соблюдение правил гигиены. Необходимо использовать лишь чистые инструменты и посуду. Все раны и места срезов следует всегда тщательно замазывать специальной мастикой или садовым варом. Пораненное и неухоженное дерево легче подвергается поражению вредителями и болезнями. При уходе за растениями (пересадка, обрезка, наложение проволоки) необходимо стараться не ранить их. Больные и пораженные насекомыми листья и ветви систематически удаляют и уничтожают. Во время пересадки не следует использовать старую почву: она может быть зараженной. Если у деревца желтеют, а затем засыхают и опадают листья, то, возможно, причина кроется в неправильном уходе: избыток воды вызывает пожелтение, засыхание и опадание листьев; недостаток света делает растение чахлым; прямые палящие лучи солнца вызывают ожоги листьев. Только исключив возможность ошибок в уходе за бонсай, можно думать о повреждении растения теми или иными вредителями и болезнями.